Na técnica de ELISA, primeiramente um extrato do alimento transgênico é adicionado a uma placa de poliestireno e as proteínas são adsorvidas (imobilizadas) na  placa. Em seguida, uma solução contendo anticorpo específico para a proteína de interesse (anticorpo 1) é adicionada à placa. Este se liga de modo específico à proteína. 

Finalmente, é adicionado à placa um segundo anticorpo (anticorpo 2) que reconhece especificamente o anticorpo 1.  Ao anticorpo 2 está conjugada uma substância fluorescente, ou outra capaz de permitir a sua detecção visual ou por aparelhagem específica. Dessa maneira, se o extrato contiver a proteína de interesse, o anticorpo 1 se ligará a ela; a este se ligará o anticorpo 2 e conseqüentemente haverá maneira visual de determinar a presença da proteína e confirmar se o alimento é transgênico.

Em virtude da especificidade da interação proteína-anticorpo, a técnica de ELISA é bastante sensível, podendo detectar alguns nanogramas da proteína de interesse. A metodologia é bastante simples, direta e reprodutível, podendo processar dezenas (ou mesmo centenas) de amostras ao mesmo tempo. É considerado um método preciso e tem sido utilizado por diversos laboratórios na identificação de alimentos transgênicos, sendo aceito por países da Comunidade Européia para essa finalidade.

A técnica de detecção em tira de papel tem sido empregada como um método qualitativo para detectar transgenes em grãos e folhas. É um processo simples, também baseado na interação proteína-anticorpo. O esquema da Figura 2 ilustra a base de funcionamento do método. A tira normalmente é feita de celulose. Na sua extremidade superior é embebido o anticorpo de captura, e no terço inferior da tira é embebido o anticorpo de detecção, ligado a uma substância capaz de promover o aparecimento de cor. O anticorpo de detecção é específico para a proteína de interesse.

Na prática, inicialmente, a extremidade inferior da placa é imersa em um tubo contendo o extrato do material a ser analisado (Etapa 1). Se a proteína de interesse estiver presente na amostra, ela migrará para a parte superior da tira, arrastada pela solução. O anticorpo de detecção também irá migrar (Etapa 2). Na medida em que a proteína migra, a ela se ligam moléculas do anticorpo de detecção. O complexo proteína-anticorpo vai se tornando cada vez maior até não conseguir mais migrar e “focaliza” em uma faixa única. As moléculas do anticorpo de detecção, que não se ligam à proteína e continuam migrando para a porção superior da tira, são capturadas pelo anticorpo de captura, formando uma segunda faixa. Uma vez que o anticorpo de detecção está ligado a uma substância que promove o aparecimento de cor, ele se torna visível nas duas faixas onde a sua concentração localizada é elevada. A presença de duas faixas indica resultado positivo (Etapa 3). A presença de apenas uma faixa (a superior) indica que o teste foi negativo. Há pelo menos duas dificuldades básicas associadas aos métodos imunológicos na identificação de alimentos transgênicos: a proteína de interesse deve ser purificada e utilizada na obtenção de um anticorpo específico que a reconheça; e a detecção da proteína depende da sua concentração na planta transgênica e da sua expressão no espaço e no tempo. A purificação de uma proteína, dependendo do seu teor no organismo que a produz originalmente, pode não ser uma tarefa trivial.

Uma baixa expressão da proteína de interesse na planta transgênica pode ser suficiente para garantir o seu efeito fisiológico; no entanto, pode impedir a sua detecção pelo método imunológico. Além disso, deve ser considerado que se um transgene tem uma expressão bastante específica no tempo (antes da floração, por exemplo) e no espaço (especificamente nas folhas jovens, por exemplo), a proteína de interesse não poderá ser detectada pelo método imunológico em um alimento feito à base de grãos, por exemplo.

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